Ниже инструкция, как настроить автоматическую регистрацию документа после первого согласования.
Для этого нужно создать доп.обработчик:

//Список = Новый СписокЗначений;
//Список.Добавить("Служебная записка (Руководитель)");
//Список.Добавить("Служебная записка (Руководитель -> Коммерческий директор)");
//Список.Добавить("Заявка на оплату");
// Поиск объекта
Задача = Событие.Источник;
Выполнять = Ложь;
Если ТипЗнч(Задача.БизнесПроцесс) = Тип("БизнесПроцессСсылка.Согласование") Тогда
Если (Задача.БизнесПроцесс.РезультатСогласования = Перечисления.РезультатыСогласования.Согласовано) или (Задача.БизнесПроцесс.РезультатСогласования = Перечисления.РезультатыСогласования.СогласованоСЗамечаниями) Тогда
Запрос = Новый Запрос;
Запрос.Текст =
"ВЫБРАТЬ
| Предметы.РольПредмета,
| Предметы.Предмет
|ИЗ
| Задача.ЗадачаИсполнителя.Предметы КАК Предметы
|ГДЕ
| Предметы.Ссылка = &ЗадачаСсылка";
Запрос.УстановитьПараметр("ЗадачаСсылка",Задача);
Результат = Запрос.Выполнить();
Если Не Результат.Пустой() Тогда
Выборка = Запрос.Выполнить().Выбрать();
Пока Выборка.Следующий() Цикл
Объект = Выборка.Предмет.ПолучитьОбъект();
Выполнять = Истина;
Прервать;
//Если НЕ Список.НайтиПоЗначению(СокрЛП(Объект.ВидДокумента)) = Неопределено Тогда
// Выполнять = Истина;
// Прервать;
//КонецЕсли;
КонецЦикла;
КонецЕсли;
КонецЕсли;
КонецЕсли;
Если Выполнять Тогда
// Регистрация
Нумератор = Нумерация.ПолучитьНумераторДокумента(Объект);
Если ЗначениеЗаполнено(Нумератор) Тогда // автоматическая нумерация
ДатаРегистрации = ТекущаяДата();
ТекущийПользователь = Пользователи.ТекущийПользователь();
Объект.ДатаРегистрации = ДатаРегистрации;
// сформируем текущий номер
СтруктураПараметров = НумерацияКлиентСервер.ПолучитьПараметрыНумерации(Объект);
Нумерация.СформироватьЧисловойНомерДокумента(СтруктураПараметров, Объект.ЧисловойНомер);
ОписанияОшибок = Новый СписокЗначений;
СтруктураПараметров = НумерацияКлиентСервер.ПолучитьПараметрыНумерации(Объект);
Нумерация.СформироватьСтроковыйНомерДокумента(СтруктураПараметров, Объект.РегистрационныйНомер, ОписанияОшибок);
Объект.Зарегистрировал = ТекущийПользователь;
Объект.Записать();
Делопроизводство.ЗаписатьСостояниеДокумента(
Объект.Ссылка,
ДатаРегистрации,
Перечисления.СостоянияДокументов.Зарегистрирован,
ТекущийПользователь);
КонецЕсли;
// автозаполнение файлов
Запрос = Новый Запрос;
Запрос.Текст =
"ВЫБРАТЬ
| Файлы.Ссылка
|ИЗ
| Справочник.Файлы КАК Файлы
|ГДЕ
| Файлы.ВладелецФайла = &ВладелецФайла
| И Файлы.ПометкаУдаления = ЛОЖЬ";
Запрос.УстановитьПараметр("ВладелецФайла", Объект.Ссылка);
Результат = Запрос.Выполнить();
Если Не Результат.Пустой() Тогда
Выборка = Запрос.Выполнить().Выбрать();
Пока Выборка.Следующий() Цикл
Файло = Выборка.Ссылка;
ДанныеВыполнения = АвтозаполнениеШаблоновФайловКлиентСервер.ЗаполнитьПоляФайлаДаннымиВладельца(Истина, Файло, Истина);
КонецЦикла;
КонецЕсли;
КонецЕсли;
Во второй вкладке, нужно добавить подписку по которой будет срабатывать выполнение кода «Задачи процессов: выполнение».
Проверять отработку кода в e1cib/list/РегистрСведений.ПроизошедшиеБизнесСобытия

Также обратите внимание что выполнение происходит в регламентном задании «Обработка детекторов бизнес-событий»