Почему то из коробки не хотело взлетать автопродление, галка стоит, но автоматически не продляется. Решение — добавить cron задачу
/etc/brainy/src/compiled/php5/bin/php -q /etc/brainy/scripts/letsen_renew.php >/dev/null 2>/dev/null
BrainyCP, Автопродление Let’s Encrypt